주휴수당은 소정근로일을 개근한 경우 발생합니다. 여기서, 소정근로일은 애초에 근로제공의무가 있는 날을 의미하며, 질문자님과 같이 회사의 사정 등으로 추석연휴 등 1주 전체를 휴무하였다면, 해당 주는 주휴수당 발생여부를 판단할 소정근로일이 없으므로 주휴수당을 지급할 의무는 없습니다.
관련행정해석 : 근로기준법에 의한 연차 유급휴가를 사용한 날은 근로 의무가 면제되 소정 근로일에 해당되지 않기에, 주휴일 산정은 연차 휴가를 사용한 날은 제외한 나머지 소정 근로일을 개근한 경우에 부여를 하되, 해당 주 전부를 쉬었을 경우는 부여할 필요가 없다(근로조건지도과-3102, 2008.08.08)고 보고 있습니다.