임진왜란 당시 실록을 보관했던 사고는 춘추관, 충주, 전주사고가 있습니다. 하지만 임진왜란으로 전주사고본을 제외하고 모두 소실되었습니다. 이 전주사고본을 복제하여 다시 춘추관, 오대산, 태백산, 적상산 정족산 사고가 자리잡았습니다. 이후에도 사고본은 계속 수난을 겪었는데, 이괄의 난으로 춘추관 사고가 불타고, 오대산 사고는 일제강점기에 발출된 뒤 관동대지진 때 대분 소실되었습니다. 적상산본도 한국 전쟁으로 북한으로 간것으로 알려져 있습니다.
현재 남아 있는 대표본은 정족산사고본과 태백산사고본은 서울대학교 규장각, 오대산사고본 일부는 국립고궁박물관, 작성산사고본은 북한에 있는 것으로 알려져 있습니다.