원천징수는 소득을 지급하는 자가 하는 것으로 질의자의 소득에 대한 원천징수는 100만원을 지급한 자가 하는 것입니다. 다만, 원천징수대상에 해당하지 않는 소득은 원천징수되지 아니하며, 사업소득의 경우 의료보건 용역(부가가치세법 시행령 제35조)과 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 지급받는 인적용역(부가가치세법 시행령 제42조에 열거된 용역)이 원천징수대상에 해당합니다(소득세법 제127조 제1항, 시행령 제184조 제1항).
본인이 사업자등록을 한 개인사업자라면 3.3%를 원천징수로 입금받는 것이 아니라 본인이 세금계산서를 발행해야 하는 것입니다. 만약, 본인 사업자와 관련없는 인적용역을 제공하고 얻은 것이라면 3.3%로 원천징수로 입금받으시면 됩니다. 거래처 측에게 자세히 문의를 해보시길 바랍니다.
또한, 본인이 A에게 용역대금을 지급할 때도 A가 세금계산서를 발행해야합니다. 마찬가지로 A가 본인의 사업자와 관련없는 인적용역을 제공하고 받는 것이라면 3.3% 사업소득으로 원천징수하면서 지급하시면 됩니다.