gredient gel은 언제 쓰고 왜쓰는건가요?
sds-page할때 쓰는 gel 중에서, gredient gel이라는게 있던데요, 이 겔은 언제 사용하는 겔이며, 왜사용하는건지 알려주세요.
그라디언트 겔(Gradient Gel)은 SDS-PAGE(폴리아크릴아미드 겔 전기영동) 실험에서 사용되는 특수한 유형의 폴리아크릴아미드 겔입니다. 이 겔은 아크릴아마이드와 비스아크릴아마이드의 농도가 점진적으로 변화하는 특징이 있습니다. 즉, 겔의 한쪽 끝에서 다른 쪽 끝으로 갈수록 농도가 점진적으로 증가합니다. 이를 통해 다양한 크기의 단백질을 보다 효과적으로 분리할 수 있습니다.
Gradient gel은 SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacrylamide Gel Electrophoresis) 실험에서 사용되는 특수한 종류의 젤입니다. 이 젤은 아크릴아마이드 농도가 위에서 아래로 갈수록 점진적으로 증가하는 구조를 가지고 있습니다. 이렇게 농도 구배를 준 이유는 단백질의 분자량에 따른 분리 능력을 향상시키기 위함입니다. 작은 단백질은 젤의 위쪽에서, 큰 단백질은 젤의 아래쪽에서 더 잘 분리되므로, gradient gel을 사용하면 다양한 크기의 단백질을 동시에 효과적으로 분리할 수 있습니다. 또한, 단백질의 등전점에 따른 분리도 가능하며, 2차원 전기영동 실험에서도 유용하게 활용됩니다. 따라서 gradient gel은 복잡한 단백질 혼합물의 분석이나 특정 단백질의 정밀 분리가 필요한 경우에 주로 사용됩니다.
겔을 만들때 아크릴아마이드를 사용하실텐데 아크릴아마이드의 농도에 따라서 단백질의 이동거리를 결정할 수 있습니다.
특히 농도가 작을수록 단백질의 이동이 쉽고, 클수록 어렵습니다. Molecular sieving 이라고 하는 현상인데
단백질의 분자량에 비례되는 거리만큼 이동하지만 선형으로 표시되지 않아 정확한 크기 계산을 위해 순수 분자량값에 비례하는 이동도를 갖는 전기영동법을 수행하여야 하며 이 때 아크릴아마이드에 농도구배를 준 겔을 사용합니다. 그래서 나오는 단백질들은 그 크기에 따라서 겔에 표시가 되어 한눈에 차이를 볼 수가 있게됩니다.
아크릴아마이드의 농도구배는 GRADIENT MIXER장치로서 만들어서 사용하게 됩니다.
단백질을 분자량에 따라 분류하기 위하여 전기영동법에 사용되는 겔이라고 보시면 될 것 같습니다.
아시다시피 분류된 단백질은 잘라서 추출한 뒤 분석에 이용됩니다.
안녕하세요. 박창민 수의사입니다. Gradient gel을 쓰면, 더 정확하고 세밀한 데이터가 나오기 때문에 사용하게 됩니다. 감사합니다.
Gradient gel은 SDS-PAGE에서 사용되는 겔 중 하나로, 농도가 서서히 변하는 겔을 말합니다. 이 겔은 일정한 농도의 겔보다 더 정확한 분리와 분석을 위해 사용됩니다.
Gradient gel이란 이름 그대로 gel의 가장 위에서 아래로 향할 수록 gradient가 형성된 gel을 말하며, 4%~20%gel이 가장 흔하게 사용됩니다. 이 gel은 가장 윗부분이 4%로 시작해서 아래로 내려갈 수록 농도가 높아져서 가장 아랫부분이 20% 농도가 된다고 보시면 됩니다. 예를 들어 4% gel을 사용하면 크기가 큰 단백질을 볼 수는 있지만, 작은 단백질들은 빠져나가게 되고, 반대로 20% gel을 쓰면 작은 단백질은 볼 수 있으나 크기가 큰 단백질은 위쪽에서 분리가 잘 안될 것이르므로 이 문제를 해결하기 위해 고안된 gel이라고 생각하시면 됩니다.
안녕하세요
gradient gel 은 위에서 아래쪽으로 아크릴아마이드 농도가 증가하게 만든 겔입니다.
위에서 아래쪽으로 gradient하게 농도가 증가합니다.
ex) 4%농도로 시작해서 점진적으로 농도가 증가하고 겔 끝부분은 20%농도
SDS-PAGE로 단백질을 전개할 때 분자량에 비례하여 단백질 이동 거리가 다르기는 하지만 이것이 정비례는 아니며
섞여있는 단백질들의 분자량의 차이가 큰 경우 단일농도로 된 겔 사용으로는 각각을 분리하기가 애매합니다.
(저농도의 경우 큰 단백질들은 서로 잘 분리하기 쉽지만 그러면 작은 분자량 단백질은 겔 밖까지 빠져나갈 수 있음
고농도 겔의 경우 작은 단백질 분리는 쉽지만 큰 단백질은 간격이 좁아서 분리가 애매함)
검출하고자 하는 단백질 크기에 따라서 다양한 농도구배를 가진 gradient gel을 사용할 수 있습니다.
만들기는 어려워서 보통 구매해서 사용합니다.
SDS-PAGE에서 Gradient Gel은 단백질 분자량 범위가 넓은 경우 분리력을 향상시키기 위해 사용됩니다.
일반적인 SDS-PAGE 젤은 단일 농도의 아크릴아마이드로 만들어져 있어 분자량이 작은 단백질은 빠르게 이동하고 분자량이 큰 단백질은 천천히 이동합니다.
하지만 Gradient Gel은 아크릴아마이드 농도가 위에서 아래로 점차 증가하는 구조로 만들어져 있습니다.
따라서 분자량이 작은 단백질은 젤 상단의 낮은 농도 영역에서 빠르게 이동하고, 분자량이 큰 단백질은 젤 하단의 높은 농도 영역에서 천천히 이동하게 됩니다.
이러한 구조는 단백질 분리 효율을 높여 더 명확하고 선명한 밴드를 얻을 수 있도록 해줍니다.