수고하다 사전적 의미가 일을 하느라고 힘을 들이고 애를 쓰다 라는 뜻을 가지고 있어서 사람 성향에 따라 직원이 먼저 퇴근하면서 수고하세요 인사를 하면 마치 나는 집에 가지만 당신들은 일을 더 해라 하는 식으로 받아들이기도 해서 그렇습니다. 하지만 통상적으로 먼저 나가는 사람은 수고하세요 라고 인사를 합니다. 카페나 식당에서 나갈 때도 수고하세요 인사를 하는 것처럼 일반적으로 사용합니다.
안녕하세요. 수고하세요 라는 말이 원래 윗사람이 아랫사람한테 쓰는 말이라 그런 걸 신경 쓰시는 분이 조금 있다는 이야기는 들었습니다. 하지만 보편적으로 그냥 구분 없이 쓰이다 보니 별 신경 안 쓰는 사람이 대부분인데... 사람마다 다른 것 같습니다. 그럴 때에는 ' 고생하세요. 고생하셨습니다 ' 로 쓰는 게 마음 편하실 거예요.