고정연장수당 연봉계약 인원 연차사용으로 인한 연장근로 미달될때

주소정근로시간 40시간(일8시간 주5일) + 연장 5시간(하루 연장 1시간씩) 발생하는 것으로 하여 연봉계약서를 작성하였습니다.
연장근로수당은 기본근로시간 시급의 1.5배로 계산하였구요.

문의 사항은 제목과 같이 한 주에 2일 연차사용으로 인하여 연장근로시간이 3시간 밖에 안될때

연봉계약서에 작성한 5시간분의 연장수당을 지급해야 하는지 아니면 3시간분만 지급해도 되는지 궁금합니다.