연말정산과 종합소득세가 궁금합니다!

현재 약사로 2군데의 약국에서 근무하고 있습니다. A약국에서는 상근근무자로 등록되어 정식으로 일을하고 있고 B약국에서는 일용직근로자로 등록되어 일을하고 있습니다. 일용직근로자는 분리과세라 세금을 신경쓸 필요가 없다고 들었지만 3개월 넘게 일용직근로자로 일하면 종합소득세를 신고해야 한다고 들었습니다.

여기서 제가 궁금한건 A약국에서 받은 돈은 연말정산으로 처리하고 B약국에서 받은 돈은 종합소득세 신고를 한다면, 종합소득세 신고를 할 때 신고하는 금액은 B약국에서 받은 돈으로만 신고해서 세금을 내면 되는건가요? 아니면 A,B 약국의 합산 소득으로 신고를 해야하는 건가요?