종합소득세 질문 있습니다 답변부탁드려요ㅠㅠ

지금 제 근무 상황이 9시출근 6시퇴근 고정근무에 고정급 받으면 일을 하고있습니다.

지금 확인 해보니 고용보험만 적용중이며 프리랜서3.3% 소득공제를 하는중이였습니다.

이번달 종합소득세를 신고하려고 손텍스에 조회 해보니 소득이 안잡혀있어서

회사에 얘기했더니 사업소득 원천징수영수증을 보내주셨구요... 사업자로 되어있는데 이런 경우에는 제가 손해조는거 아닌가요? 어떻게 해야할까요...

종소세 신고를 해도 세금 돌려받을수 없는건가요?