분자 간의 공간은 물리적인 입자로 채워지지 않습니다. 이 공간을 '진공'으로 간주할 수 있으며, 분자 사이의 상호작용은 이 공간에서 일어납니다. 분자들은 그 자체로 고유한 전기적 성질을 가지고 있고, 이들 사이에 작용하는 힘들이 분자 간의 공간을 '채운다'고 할 수 있습니다. 주요한 상호 작용으로는 반데르발스 힘(Van der Waals foreces), 수소 결합(hydrogen bonds), 정전기적 상호 작용(electrostatic interactions)이 있습니다. 이러한 힘들은 분자들이 서로에게 미치는 영향을 설명하며, 이는 물질의 다양한 물리적, 화학적 성질을 결정하는데 중요한 역할을 합니다. 분자 간의 이 공간은 에너지 상태의 변화와 관련하여 중요한 연구 영역이기도 합니다. 따라서 분자 간의 공간을 단순한 '빈 공간'으로 보기보다는, 분자 상호작용의 장(field of molecular interaction)으로 이해하는 것이 더 적절합니다.