결론부터 말씀드리면 혼용해서 사용하는 것은 절대 하시면 안됩니다.
실험이 완전 실패하면 다행이고, 진행되는 듯 보여도 결과를 아예 판독하지 못하거나 전혀 다른 결과가 나오게 됩니다.
가장 큰 이유는 두 버퍼는 이온 강도와 전도도가 다르기 때문입니다.
그래서 이온 불균형으로 인해 전기영동 중 심한 열이 발생해 겔이 녹아내릴 수 있고, DNA 밴드가 선명하지 않고 흐려지거나 끌리는 현상이 발생합니다.
특히 말씀하신 Allele-specific PCR은 미세한 밴드 차이를 봐야 해 반드시 버퍼를 통일해야 합니다.