근로기준법 위반이 몇 가지가 발생하는지 체크하고싶습니다.

제가 다니고 있는 회사에서는 일단 13시부터 22시출근이라고 명시가 되어있으나, 회의를 하겠다는 이유등으로 12시부터 출근을 시킨적이 정말 많았습니다.

심지어 근로계약서도 입사한지 한달이 넘어갈때 작성을 했었습니다. 해당부분은 꾸준하게 말을 했으나, 그때서야 작성이 된 부분입니다.

그리고 4대보험을 가입을 되는 조건으로 가입요구를 했는데, 수습기간 3개월을 지난뒤에 해주겠다고하면서 아직까지 4대보험이 가입이 되어있지 않습니다.

또한 지금 같은 이름으로 지점이 총 4개가 있는데, 대표는 1명이고, 각 지점 관리자들이 있는 상황입니다. 그리고 각지점 관리자와 밑에 직원들까지도 있습니다. 지금까지 체크된건만해도 많은 인원수들이 있지만, 아직까지도 5인미만 사업장으로 등록이 되어 있어, 연차부분에 대한 상황도 많이 애매한 상황입니다.(카톡방에 대표 및 각관리자3명, 대리1명 이렇게 있음), 파트타임 알바 및 프리랜서, 급여받는 직원들도 많은 상태

그리고 계약서상으로는 특약사항이라고해서
"갑"은 "을"과 합의하의 트레이닝에 관련된 교육을 진행한다. 을은 교육에있어서 과목을 선택하고 그에따른 교육비용을 갑에게 납부해야한다. 단, 을이 12개월 이상 갑의 근무지에 있어서 성실히 근무할 경우 교육비용을 지급하지 않는다. 또한 갑의 사업장에 제 8조로 인해 계약이 해지될 경우 해당 표에 대한 납부를 해야한다.(여기서 8조는 개인정보에 관한 내용)(9조가 근로계약의해지내용) 오타로 표기됨.
-금액은 대략 500만원정도됩니다.
근로계약서상으로 이런부분이 포함되어있는데, 이것도 정당한부분인가요?

교육은 뭐 한 3시간정도받았습니다

입사한지 한 3개월이 안된 시점이라서 수습기간중이였고, 수습기간중에 대표가 맘에 안들었는지 맨처음 관리자로 임명을 했으나, 지금은 매출이 저조하니 파트타임 알바로 가라고한 상황입니다. 아직 정확하게 나온 말은 없으며, 바뀐 근로계약서도 없는데, 해당 부분 어떻게 진행하면 좋을지 상담부탁드립니다