의료비 공제 항목에서 실손의료비 작성안해도 되나요?

올해 개정 항목으로 실손의료비 금액이 의료비 금액보다 많으면, (즉, 실손 청구를 한꺼번에 청구하여 올해 전부 받았으면)
이전 연말정산 수정 신고를 해야 한다고 들었습니다.
직원들이 수정신고 하기 싫다고 실손의료비 금액을 기재하지 않는 걸로 한다고 하면 문제가 되진 않나요?
수정 신고는 종소세로 해서 각각 개별적으로 진행해야하는 거죠?