환단고기는 사학계에서는 인정하지 않는 위서로 보고 있습니다. 환단고기가 쓰여진 연도 자체가 1900년대 초이고, 당시에 민족주의 사관이 팽배할때라 실제 역사적인 근거와는 다르게 민족의식에 고취된 책들도 많이 쓰여졌습니다. 환단도기가 알려진 것도 1970년대 이유립에 의하여 알려진 것인데, 역사학자가 아닌 종교인으로 보고 있습니다. 이유립 자체가 민족주의 성향이 너무 강하기도 할 뿐더러, 환단고기가 자신의 스승이 내려준 역사서라 하며 세상에 알린것이라 환단고기 자체가 역사적인 근거가 너무나도 부족합니다.
현대 사학계에서는 환단고기 자체를 소설 정도의 위서로 보고 있고, 연구할만한 가치가 있다고 판단하진 않습니다. 21세기 대군부인 드라마에서 "만약 한국이 자주국이라면"으로 시작하는 것 처럼, 고대 한국에 세상을 호령했더라면 이라는 픽션으로 시작된 책에 불과한 것으로 보고 있습니다.