질문내용이 너무 방대합니다!

일단 하고 싶은 내용을 쪼개서 가능한지 아닌지에 대한 것부터 구분해보시는 것이 좋을 것 같아요.

우선 대부분 은행 및 보험사가 외부 어플리케이션을 통해 공인인증서의 로그인 처리를 진행하고 있기 때문에

웹 크롤링으로는 이 부분을 통과하기 어려울 것으로 보이고요.

이와는 별도로 그냥 공부삼아 보고 싶으실 수도 있어서 간략하게 관련된 스펙들을 말씀드리면

공인인증서는 기본적으로 X.509 인증서 규격을 따르고 있고요.(HTTPS에서 사용하는 SSL 인증서도 스펙은 동일합니다.)

인증서라는 내용을 이해하기 위해서는 공개키 암호라는 내용을 이해하고 있어야 합니다.

이 인증서를 사용하여 전자서명 등의 기법 등을 통해 인증처리를 진행하고 있을테고요.

이러한 내용을 이해하려 기본적인 암호학 지식, PKCS #1, #5, #7, #8 에 추가적으로 사용된 규격 및 X.509 인증서 규격을 이해하셔야 하고요.

정확하게 어떤 일을 하려고 하시는지는 모르겠으나, 이쪽은 손 안 대고 넘어가시는 것이 좋을 것 같아요. ㅠ_ㅠ