중소기업소득세 감면 후 연말정산시 감면세액

안녕하세요 5인이상 법인 기업에서 근무하고 있습니다. 중소기업 소득세 감면 신청하고 미처 연말정산을 못하고 퇴사하게 되었습니다.

5월에 연말정산 하려고 보니 환급금이 회사에서 원천징수 진행시에 지급되어서 제가 환급 못 받는다고 해당 회사에 요청하라고 하는데 이게 맞나요??

어떤 이유로 이렇게 처리가 되는걸까요??