입금된 금액의 세무 회계 처리방법이 궁금합니다..

관계가 A본사 , B회사 , 고객회사 이렇게 되는데요.

저희가( A본사)가 1일~30일(한 달)용료를 매달 말일 날짜로 정산하여 고객회사에게 세금계산서를 발행하고 있습니다.

11월 이용료 정산하면서 저희와 관련 된 B회사 과실로 일어난 배상비용이 본사로 입금되었습니다.

그래서 A본사로 우선 지급 받고 고객사에게 이 비용을 돌려주거나 매출에누리를 해야하는데요.

고객회사에게 청구하는 비용에서 위 배상비용을 차감하고 고객사에게 매출에누리를 해준다고 하면요.

예를들어 매출이 5,000원 발생했고 매출에누리 -1,000원을 할인해서 4,000원만 세금계산서를 발행하면

고객사는 저희에게 4,000원만 입금 할텐데 B회사가 A본사로 입금한 1,000원은 증빙처리를 어떻게 해야할지

헷갈립니다.. ㅠ