저도 예전에 똑같은 일을 겪었어요. 아침에 폰을 켰더니 화면 구성이 미묘하게 바뀌어 있어서 내가 뭘 잘못 눌렀나 싶었거든요. 결론부터 말씀드리면 새벽에 조용히 도는 건 대개 두 가지가 섞여 있습니다. 하나는 앱 자동 업데이트고 다른 하나는 운영체제 소프트웨어 업데이트예요.
하필 새벽인 이유가 좀 얄궂은데요, 폰이 와이파이에 붙어 있고 충전 중이고 화면이 꺼져 있는 상태를 지금은 건드려도 사용자가 불편하지 않겠다고 판단해서 그때 몰아서 처리하도록 만들어져 있어요. 그래서 설정을 따로 안 건드렸는데도 딱 새벽에 걸리는 겁니다.
갤럭시라면 설정에서 소프트웨어 업데이트로 들어가 보세요. 자동 다운로드 항목이 있는데 그걸 꺼주시면 됩니다. 앱 쪽은 플레이 스토어를 열고 오른쪽 위 프로필을 누른 다음 설정, 네트워크 환경설정, 앱 자동 업데이트 순서로 들어가서 안 함으로 바꾸시면 돼요.
아이폰이라면 설정에서 일반, 소프트웨어 업데이트, 자동 업데이트로 들어가서 다운로드와 설치를 둘 다 끄시면 되고요. 앱은 설정 목록에 있는 앱스토어 항목에서 앱 업데이트를 끄시면 됩니다.
다만 제 경험을 하나 덧붙이면, 저는 예전에 전부 다 꺼놨다가 반년쯤 지나서 한꺼번에 몰린 업데이트를 받느라 오히려 더 고생했어요. 그래서 지금은 앱 자동 업데이트만 꺼두고 보안 패치가 들어가는 소프트웨어 업데이트는 그냥 열어두는 쪽으로 타협해서 쓰고 있습니다.