계속근로자의 퇴직금 정산시 지급조서제출의무

안녕하세요. 아래와 같은 질의사항 있어 글 남깁니다.

당사 계약직 직원이 퇴직금을 정산. (고령으로 DB형, 퇴직금은 개인계좌로 송금)

당사는 원천세 신고시 퇴직금과 퇴직소득세를 신고 및 납부.

연말정산시 퇴직지급조서를 제출하지 않음(퇴직금은 정산하였으나, 실제로 계속근무 중)

현재 홈택스상 원천세신고와 지급조서 불일치가 떠있습니다.

저희가 원천세를 수정신고 해야되나요? 지급조서를 추가 제출해야할까요?