이순신 장군의 삼도수군통제영은 본거지를 옮겨 다닌 것이 통영과 여수간 역사 논쟁의 핵심입니다. 삼도수군통제영이 1593년 처음 설치된 곳은 한산도 진영으로 현재 통영시 한산면입니다. 이곳은 한산대첩 이후 본영으로 사용했습니다. 하지만 여수와 전남측에서는 전라좌수영이 있던 여수가 첫 통제영으로 주장하고 있습니다. 즉 이순신이 전라좌수사와 삼도수군통제사를 겸했다는 주장입니다.
그리고 칠천량 해전 패배 이후 한산도 통제영이 파괴되자 수군 재건을 위해 일시적으로 고하도, 고금도(완도)에 설치했습니다. 또한 임진왜란 이후 1603년 두룡포(통영시 문화동)에 자리잡았습니다.