연말 정산 의료비 공제에서 실비보험으로 환급 받은 내용이 포함되면 어떻게 됩니까?

저희 회사는 연말 정산때 국세청 홈페이지에 들어가서 모든 자료를 항목별로 내려받아서 그 자료를 회사에 제출하여 연말정산을 하게 되는데, 그때에 올해 의료비로 지출된 금액중에서 본인이 실비보험에 가입되어 있어서 미리 실비보험으로 환급받은 자료가 연말정산 자료에 포함되면 중복으로 정산되어 나중에 가산세를 물게되나요?