질문자께서 말씀하신 것처럼 일반적으로 거래소에서 해당 기능을 개발하고 제공해 주지 않으면 유저의 잔고에 최저 거래가능 수량 아래로 극소량 남아 있는 가상화폐는 사용할 수 있는 방법이 없습니다.
하지만 모든 거래소가 그런 것은 아닙니다. Coinex 거래소의 경우 거래소 지갑 안에 있는 소량의 잔고를 수수료를 지불하면 거래소 토큰인 CET로 일괄 변환해 주는 기능을 자체적으로 제공하고 있기도 합니다. 저도 이용해 봤는데 거래소 토큰이 이렇게 쓰일 수도 있구나 하면서 감탄했던 경험이 있습니다. 아래 스크린샷을 참고해 주시면 좋겠습니다.