3개월이상 탄력근무제 소정시간 계산시 연차일 제외하나요?

안녕하세요? 3개월이상 탄력근무제 운영중인데

1.5~ 4.5일까지 13주 탄력근무제를 했었는데 한분이 중간에 병원입원으로 연차를 쓰셔서 갑자기 소정근로 평균이 달라져서 문의드립니다.

아래표 기준으로 계산을 하고 있는데요.

총소정근로시간 91일×40/7=

520시간

총연장근로 12시간×13주=156시간

연차를 2.12~13일, 중간설연휴 2월19~20일 연차 총 4일연차사용

소정시간 계산시

87*40/7= 497.시간 / 소정근무시간 497/13주 =38시간으로 하면 안되는거죠?

주 40시간이 기준인데 520시간해도 소정근로시간이 40시간 미만이되서 어떻기준으로 계산해야할지 궁금합니다.

40시간미만으면 임금이 상승될것같아서 . 정확히 알아야할것같아서요 도움부탁드립니다.