근무지가 두군데 이상 연말정산은 어떻게 하나요?

근무지 2곳중 급여가 높은쪽으로 진행을 하였습니다.

연말정산 진행한 곳에서는 환급이 나왔고, 진행하지 않은곳에서는 적은 금액으로 납부가 나왔습니다.

왜 그럴까요?