전기영동 실험할 때 밴드가 관찰되지 않는 이유가 뭘까요?
DNA 샘플로 전기영동 실험을 했는데 두개만 제대로 분리되고 나머지 웰에서는 처음에 분리되는 모습이 보이다가 나중 가니까 점점 희미해지더니 아예 사라져버렸습니다. 원인이 뭘까요?
안녕하세요.
다음과 같은 원인을 고려해볼 수 있겠습니다.
DNA가 충분히 로딩되지 않은 경우, 로딩한 DNA 양이 너무 적거나, 농도가 낮으면 처음엔 흐릿하게 보이다가 나중에 사라질 수 있습니다.
이 경우 DNA 샘플 농도를 확인하고, 필요한 경우 더 농축해서 사용해보세요. 두번째는 로딩 버퍼가 제대로 섞이지 않은 경우입니다. 로딩 버퍼(loading dye)는 DNA가 웰 아래로 잘 가라앉게 도와주는 역할도 합니다. 잘 섞이지 않으면 DNA가 웰에 안 들어가고 퍼질 수 있으므로 DNA와 로딩 버퍼를 잘 섞어서 충분히 원심분리한 뒤 로딩해보세요.
전기영동에서 밴드가 희미해지거나 사라지는 주된 원인은 DNA 농도 부족, 로딩 버퍼 문제, 젤 이상, 전압 과다 또는 염색 문제일 수 있습니다. DNA 양이 너무 적으면 전기영동 중에 퍼지거나 소실되며, 로딩 버퍼를 잘못 넣거나 농도가 맞지 않으면 DNA가 웰에서 제대로 가라앉지 않아 흐르거나 퍼질 수 있습니다. 또한 젤의 농도가 너무 낮거나 굳는 과정에서 문제가 생기면 밴드가 뭉개지거나 이상하게 퍼지며, 전압이 너무 높으면 DNA가 젤 밖으로 빠져나갈 수 있습니다. 마지막으로 염색제가 부족하거나 잘못 사용되었을 경우 밴드가 제대로 보이지 않을 수 있습니다.
말씀하신 것만으로는 하나의 이유로 특정지어 말씀드리긴 어렵습니다.
하지만, 대부분의 경우 핵산가수분해효소 오염이 가장 가능성이 높은 원인입니다. 손이나 피부 접촉, 오염된 시약 또는 튜브, 세균 또는 곰팡이 오염 등이 가장 큰 원인입니다. 또한 DNA 샘플을 반복해서 냉동하고 해동하면 DNA가 손상될 수도 있습니다.
만일 오염문제가 아니라면 초기 DNA 농도가 매우 낮아 전기영동 과정에서, 특히 확산이 일어나면 나중에 감지하기 어려워질 수 있습니다. 또 잘못된 로딩 염료를 사용했거나 샘플 흘림, 웰 내부의 기포 등이 원인이 되기도 합니다.
그 외에도 전기영동 완충 용액 문제, 겔 문제, 전기영동 조건 문제 등을 원인으로 생각해 볼 수는 있지만, 역시나 말씀해주신 사항만으로 특정지을 수는 없습니다.
안녕하세요. 박창민 수의사입니다. 여러 가지 이유가 있을 수 있습니다. 겔에 균열이 있거나 고르지 않을 경우 그리고 pipetting 실수 혹은 DNA 시료 자체의 문제일 수도 있습니다. 또한, 과전압이나 장시간 등의 전기영동의 조건 문제 혹은 버퍼 이상도 이유가 될 수 있습니다. 감사합니다.