오메가-3는 상대적으로 그 부작용 발생 가능성이 낮은 편이라 건강기능식품으로도 사용을 하게 됩니다만 그럼에도 부작용이 발생되는 경우가 종종 있습니다. 대표적으로는 소화불량, 어지러움, 두통이 생길 수 있으며 매스꺼움은 특히 잘 생길 수 있는 부작용이니 식후 복용을 필수적으로 권장합니다.
오메가3의 경우 적정한 용량으로 복용시에는 장기간 복용을 해도 특별히 부작용이 발생하지는 않습니다. 하지만 과복용시에는 출혈위험이 증가하거나, 위장에 불편감을 줄수 있습니다. 하루에 1000미리정도의 오메가3는 문제가 되지 않으며, 만약 기저질환으로 복용하는 약이 있는 경우에는 반드시 전문가와 상의하에 복용하길 권장드립니다.