귀 질의만으로 명확히 판단이 어려우나, 성과급이 과세 대상에 포함된다고 볼 수 있다면 별도의 항목을 세전 급여 항목에 추가한 뒤 그에 대한 세금을 공제하여 근로자에게 임금을 지급하는 방식을 사용하거나, 성과급을 과세 대상에 포함하지 않기 위하여 공제 항목에 - 항목으로 추가하여 임금을 지급하는 방식을 사용하는 등 회사의 재량에 따라 판단하시면 됩니다.
상기 성과급이 계속적/정기적으로 지급되고, 지급대상/지급조건 등이 확정되어 있어 사용자에게 그 지급의무가 있다면 이는 근로의 대가로 지급되는 임금의 성질을 가지므로, 근로소득으로서 세금을 원천징수해야 할 것이나, 지급조건이 불확정적이거나 일시적, 은혜적으로 지급된 경우에는 임금으로 볼 수 없으므로, 근로소득으로서 세금을 원천징수하지 않습니다.