배변조영술은 비교적 안전한 검사로, 심각한 부작용은 드뭅니다. 다만 몇 가지 가능한 불편감이나 경미한 부작용은 있습니다.
검사 중 직장에 조영제(바륨 페이스트)를 주입하기 때문에 일시적인 복부 팽만감, 배변 욕구, 불편감이 흔합니다. 검사 후에는 바륨이 남아 변비가 생기거나 변이 하얗게 나올 수 있으며, 충분한 수분 섭취로 대부분 호전됩니다.
드물게 항문 통증, 미세한 점막 자극으로 인한 소량 출혈이 있을 수 있고, 기존에 심한 치질, 항문 열상, 염증성 장질환이 있는 경우에는 증상이 일시적으로 악화될 수 있습니다. 장 천공 같은 심각한 합병증은 매우 드문 편입니다.
전반적으로 배변 장애 원인 평가에 도움이 되는 검사이며, 검사 전후 안내사항만 잘 지키면 위험도는 낮은 편입니다. 기존 항문·직장 질환이 있다면 검사 전 의료진에게 미리 알리는 것이 중요합니다.