분양권 입주권 두 권리의 큰 차이점 중 하나는 초기 납입 비용입니다. 전자의 경우에는 주택가의 약 5~10% 정도를 계약금으로 지불하고, 나머지 금액은 중도금과 잔금으로 나누어 지불하면 되어 비교적 부담이 적은 편입니다. 그러나 후자는 취득 시 기존 집의 감정평가액과 청산금을 포함한 제반 금액을 초기에 지불해야 하기에 한 번에 큰 금액이 필요합니다.
두 권리의 취득 시점과 관련된 세금 부과에도 차이를 보이는데요, 청약을 성공한 경우는 최종 입주할 때 한 번만 취득세를 내게 되며, 재산세나 종합부동산세 등의 보유세는 내지 않습니다. 하지만 조합원은 입주권 매수 시 토지 소유권을 넘겨 받고 준공이 완료되었을 때 건물 소유권을 한 번 더 받아서 총 두 번의 취득세를 내야 하고 이때 재산세와 종합부동산세도 부과됩니다.