위생가설은 영유아기에 다양한 미생물과 충분히 접촉하지 못하면 면역계가 정상적으로 성숙하지 못해 알레르기 질환이 증가할 수 있다는 가설입니다. 다만 현재는 단순히 '깨끗해서 알레르기가 생긴다'기보다는 '유익한 미생물에 대한 노출이 부족하다'는 개념으로 발전했습니다.
출생 직후부터 면역계는 세균, 바이러스, 곰팡이 등 다양한 미생물과 상호작용하며 과도한 면역반응을 억제하는 조절 기능을 배우게 됩니다. 이 과정에서 장내 미생물총도 중요한 역할을 하며, 면역관용을 유지하는 조절 T세포의 발달을 촉진합니다. 반대로 이러한 자극이 부족하면 꽃가루, 집먼지진드기, 음식처럼 원래 해롭지 않은 물질에도 면역계가 과도하게 반응하여 알레르기 비염, 아토피피부염, 천식 등이 발생하기 쉬워질 수 있습니다.
이를 뒷받침하는 근거로는 농장에서 자란 아이들이 도시에서 자란 아이들보다 알레르기와 천식 발생률이 낮다는 연구, 형제자매가 많거나 어린이집을 일찍 다닌 아이에서 일부 알레르기 질환이 적게 나타난다는 연구, 다양한 장내 미생물을 가진 영유아에서 알레르기 위험이 낮다는 연구 등이 있습니다. 반면 모든 감염이 도움이 되는 것은 아니며, 일부 바이러스 감염은 오히려 천식 발생 위험을 높일 수 있습니다.
현재는 위생가설보다 '미생물 다양성 가설' 또는 '구(舊) 친구 가설'이 더 널리 받아들여집니다. 핵심은 병원균에 일부러 노출되는 것이 아니라, 자연환경과 다양한 유익한 미생물에 적절히 노출되어 면역계가 균형 있게 발달하는 것이 중요하다는 점입니다. 따라서 감염 예방을 위한 손 씻기와 예방접종은 계속 유지해야 하며, 이를 줄이는 것이 알레르기 예방에 도움이 된다는 근거는 없습니다. 오히려 불필요한 항생제 사용을 줄이고, 다양한 식이와 건강한 장내 미생물 환경을 유지하는 것이 더 중요한 요소로 여겨집니다.