일본은 쌀 수입 확대를 합의했지만, 국내적으로는 행정명령과 관련 규정의 문구가 충돌하면서 실제 이행이 지연되거나 무효화된 경우가 있었습니다. 즉, 국제 합의와 국내 법령·행정체계가 정합성을 이루지 못했을 때, 합의가 실행되지 못하는 상황이 발생한 것이라고 합니다.
한국의 경우는 이미 다수의 FTA를 운영하면서 이러한 충돌을 최소화하기 위해 제도적 장치를 마련해 두었습니다. 협정 발효 이전에 국회 비준과 동시에 관세법 및 시행령을 개정해 협정세율 적용 근거를 마련하고, 세관 집행 단계에서는 원산지 증명·세율 적용 지침을 구체적으로 명시해 혼란을 줄이고 있습니다. 또한 협정 문구 해석에 이견이 생기면 한·상대국 공동위원회나 WTO 분쟁 해결 절차를 통해 조율할 수 있는 구조가 갖춰져 있습니다.