구체적인 사실 관계를 알 수 없어 명확한 답변을 드리기 어려우나, 아마도 회사의 주장은 2020.8.2.에 입사하였으니 2023.8.2. 이후에 퇴사하여야 입사일 기준으로 산정한 연차휴가 16일을 반영하여 잔여 수당을 지급할 수 있다는 것으로 판단됩니다. 연차휴가는 개별 근로자의 입사일 기준으로 산정함이 원칙이므로 회계연도 기준으로 연차휴가를 부여하고 있고 근로자에게 불리하지 않다면 퇴사시점에서도 근로자에게 유리한 회계연도 기준으로 연차휴가를 정산하여야 할 것이나, 취업규칙 등에 퇴사 시점에서 입사일 기준으로 재정산한다는 규정이 있다면 입사일 기준으로 정산할 수 있으므로 회사의 주장이 타당할 수 있습니다.
귀 질의의 사실관계만으로는 명확히 판단이 어려우나, 근로자가 입사한 때부터 퇴사한 시점까지 발생한 연차휴가보다 더 많은 연차휴가를 사용하였다면 초과 사용분에 대하여서는 회사가 근로자의 임금에서 공제하고 지급하는 것이 노동관계법령을 위반하였다고 보긴 어려울 것으로 판단됩니다.