조선 후기 천주교 확산은 유교 질서와 가치관과 충돌하여 박해사건이 발생하였습니다. 1791년 진산 사건으로 일어난 신해박해는 윤지충과 권상연이 제사를 거부하여 일어난 사건입니다. 이들은 결국 처형되었으며, 최초의 천주교 순교자가 되었습니다.
그리고 1801년 순조 즉위 이후 정순왕후 주도로 신유박해를 일으켜 정약용 등 천주교 신자들을 탄압하였습니다. 헌종 때 1839년 기해박해를 일으켜 천주교 신부인 엥베르, 모방, 샤르탕 등을 체포 처형하고 신자들을 처형했습니다. 1866년 흥선대원군 집권 이후 병인박해를 일으켜 8000여명의 베르뇌 주교 등 9명의 프랑스 선교사와 천주교 신자 8000여명을 처형했습니다. 병인박해로 병인양요가 일어나는 구실이 되었습니다.