같은 사업자내 일반과세,면세업 동시에 하는경우

1개의 사업자에서 과세업과 면세업 두개가 공존한다면.. 부가세등 어떻게 처리를 해야하는지 궁금합니다.

과세 / 면세 되는 부분의 거래내역등을 챙겨놓고 신고를 해야하는걸까요?