간이과세자 종합소득세 신고도움서비스 관련 문의

간이과세자인데 종합소득세 신고하면서 전자매입세금계산서가 1건이 누락됐다는 사실을 알고 부가세 경정청구를 진행했습니다 그 과정에서 납부세액에 환급금이 떴고 그걸 신용카드매출전표발행세액공제에서 조정하여 납부(환급)세액은 '0'원으로 만들었습니다

그 뒤 종합소득세 신고 안내문을 출력하고 보니 신고도움안내서비스에 적혀 있는 신용카드발행세액공제랑 금액이 다른데 상관없이 부가세 경정청구했던 금액대로 잡이익 처리하면 되는지 알고 싶습니다!!

신고도움안내서비스와는 금액이 달라도 무관할까요??