질문자님은 6개월 근무 시 약 6일의 연차가 발생하며 이를 초과해 사용한 경우에만 정산 문제가 발생할 수 있습니다. 사용자가 근로자의 동의나 취업규칙상 명확한 근거 없이 일방적으로 급여에서 연차 사용분을 공제하는 것은 임금 전액 지급 원칙 위반입니다. 사전에 선사용 연차에 대한 공제 합의가 없었다면 회사의 이러한 요구는 법적 근거가 부족하며 임금체불로 간주될 수 있습니다.
사용자가 연차를 초과 고지하거나 근로자가 임의로 더 많은 휴가를 사용한 경우, 회사는 퇴직 시 이를 금전으로 공제할 수 있는 근거가 사내 규정에 있는지 확인해야 합니다
위 사실관계만으로는 명확한 답변을 드리기 어려우나 별도의 규정이 없는 한 발생한 연차휴가일수를 초과한 병가를 사용한 때는 무급으로 처리할 수 있으나 질문자님의 동의없이 일방적으로 월급에서 한꺼번에 공제하는 것은 법 위반의 소지가 있으므로 관할 노동청에 진정하시기 바랍니다.