세금에 따라 다릅니다. 취득세의 경우는 규제지역을 제외한 일반지역에서는 2주택까지는 동일세율이 적용되고, 보유세인 재산세, 종부세에서는 두개의 주택을 가지고 있는 경우 합산 금액이 9억을 초과하지 않으면 종부세는 과세되지 않습니다. 만약 1주택이라면 12억이하여야 합니다.
그리고 질문에서 말하는듯 한 양도소득세의 경우 장기보유에 따른 장기보유특별공제가 있는데, 그전에 양도소득세에서 1주택자의 경우 2년보유시 양도비과세가 되고 2주택자부터 양도소득세 부과대상이 됩니다, 그리고 2년내 매도시에는 양도중과세가 적용되어 주택수 관계없이 높은 중과세율이 적용되게 됩니다. 보통 1년미만 매도시 50% 1년이상 ~2년미만시 40% 세율이 적용됩니다.