안녕하세요. 류형식 노무사입니다.
해당 근로자가 사업장에 손해를 발생시켰다 하더라도 임금은 전액이 지급되어야 하므로 질문자님이 일방적으로 상계할 수는 없습니다.
제43조(임금 지급) ① 임금은 통화(通貨)로 직접 근로자에게 그 전액을 지급하여야 한다. 다만, 법령 또는 단체협약에 특별한 규정이 있는 경우에는 임금의 일부를 공제하거나 통화 이외의 것으로 지급할 수 있다.
따라서, 해당 근로자의 명시적인 동의를 얻어 손해액과 임금을 상계하여 지급할 수는 있을 것이나 그렇지 않은 경우 임금을 전액 지급하시고 별도의 손해배상청구를 통하여 그 지급을 청구해야 할 것으로 보입니다.