안녕하세요. 케이에스세무회계 김수정 공인회계사 세무사입니다.
결론부터 말씀드리면, 해당 개발장려금은 창업중소기업 세액감면 대상소득에 포함하기 어려운 쪽입니다.
조세특례제한법 제6조 제1항은 "해당 사업에서 발생한 소득"에 대한 법인세를 감면한다고 정합니다. 쟁점은 보조금이 익금이냐가 아니라, 그 익금이 "해당 사업에서 발생한" 것이냐입니다. 조세특례제한법 기본통칙은 감면대상 소득계산 시 이자수익과 유가증권처분손익을 제외하고, 법인세법 기본통칙은 영업외수익 중 자산수증익을 감면사업이 아닌 과세사업의 개별익금으로 구분합니다.
과세관청과 조세심판원이 실제로 쓰는 판단 기준은 "보조금이 매출이나 영업활동량에 연동되는가"입니다. 운송업 유가보조금이나 신재생에너지 발전차액처럼 주유량·공급량에 비례해 지급되어 사업 수행의 대가적 성격을 갖는 것은 감면대상소득으로 봅니다. 반면 자산 취득이나 비용 조성을 위해 매출과 무관하게 정액으로 지급되는 보조금은 제외해 왔습니다.
말씀하신 개발장려금은 과제 수행을 조건으로 지급되는 정액 보조금이므로 후자에 가깝습니다. 다만 출시 후 매출 실적에 연동해 정산되는 구조라면 결론이 달라질 수 있어, 지급결정통지서의 정산 조건을 확인해 보셔야 합니다.
감면 여부와 별개로 하나 더 보실 것이 있습니다. 법인세법 제36조 제1항은 국고보조금을 "사업용자산의 취득 또는 개량에 사용한 경우"에 한해 손금산입을 허용하고, 같은 법 시행령 제64조 제1항은 그 사업용자산을 사업용 유형자산·무형자산과 석유류로 한정합니다. 장려금을 인건비나 외주비 등 경상 개발비로 쓰셨다면 이 조항의 적용대상이 아니어서, 수령한 사업연도에 전액 익금이 됩니다. 감면 포함 여부보다 이쪽이 세부담에 미치는 영향이 클 수 있습니다.
참고로 이 쟁점은 아직 확정된 영역이 아닙니다. 2025년 11월에 같은 쟁점(국고보조금이 창업중소기업 세액감면 대상소득에 해당하는지)으로 서면질의가 접수되어 있고, 현재 회신 본문은 공개되어 있지 않습니다. 그 질의를 낸 법인도 국고보조금을 감면 외 소득으로 구분해 신고하고 있는 상태입니다.
위 내용은 조세특례제한법 제6조 제1항 및 법인세법 제36조 제1항을 전제로 한 것이며, 개별 사안은 보조금의 지급·정산 구조에 따라 결론이 달라질 수 있습니다