본사, 지점 체계의 법인에서 지점 직원의 근로소득과 퇴직소득 원천 사업자번호가 달라도 괜찮나요?

당사는 본사가 있고 그 아래 지점들이 운영되고있는 체계의 법인입니다.

지점 직원들의 급여는 각 지점에서 관리, 지급되어 근로소득 원천세 신고는 각 지점의 사업자번호로 신고하고 있는데

지점 직원들의 퇴직급여 (퇴직금)만 본사에서 관리, 지급하여 본사에서 통합 관리 하고자 합니다.

직원들의 근로계약서 상 회사명은 각 지점 명으로 작성되고 있습니다.

이 경우, 지점 직원들의 퇴직소득 원천세 신고는 본사 사업자 번호로 신고가 될텐데 이와 같이 지점 직원들의 근로소득과 퇴직소득 원천 신고가 이루어 지는

사업자등록번호가 서로 달라도 상관 없나요?

(예시) A지점 퇴사 직원의 퇴직소득:본사 사업자번호 / 근로소득:A지점 사업자번호)