포괄임금제 운영중인데 주 52시간 어떻게 관리해야하나요?

안녕하세요^^

포괄임금제 운영 중인 회사에서의 주52시간 관리에 대하여 문의드립니다.

주 52시간은 실근로시간으로 근무시간을 산정하는 것이며, 선택적 근로시간제를 운영할 경우에는 1개월 근무시간을 평균하여 1주간의 근로시간이 52시간을 넘지 않으면 된다는 것으로 알고 있습니다.

1. 연차휴가를 사용할 경우, 연차휴가를 제외한 월 실근무시간이 총 207시간이면, 주 평균 46.76시간 근무로 법에 위반되지 않는다.

2. 하지만 연봉구성 및 유급휴일이 다음과 같을 때 주 52시간 관리에 대해서 문의드립니다.

1) 연봉은 소정근로시간에 대한 기본급 및 연장근로시간에대한 초과수당을 포괄하여 산정된 포괄임금제로 계약 중입니다.

- 기본급 : 연 2,920시간 x 통상시급

- 초과수당 : 936시간 x 통상시급 = 주 12시간 x 52주 x 1.5 x 통상시급

2) 취업규칙에서 유급휴일은 토요일, 일요일, 명절, 공휴일 등을 지정하고있습니다.

위와 같은 경우 유급휴일인 연차 및 공휴일에 대한 8시간을 적용하게되어 근무시간이 총 247.1시간이 된다면, 주 평균 55.79시간이 되어 주 52시간이 초과되게 됩니다.

3. 제 생각에는 주 연장 12시간이 포함된 포괄임금제로 연봉이 운영중이기 때문에 주 52시간 산정시에도 연차 & 공휴일 8시간을 포함하여 주 52시간 넘지 않도록 관리 되어야 한다고 생각되는데 주 52시간은 포괄임금제와 상관없이 실근로시간 기준으로만 관리되어야 하나요?

그렇게 된다면 임금구성상으로 계약된 시간보다 더 근로를 하게 되며, 추가된 근로에 대한 돈은 받지 못하게 될 경우도 발생하는데 문제가 되지 않을까요?

4. 또한, 1개월 근무시간 산정 시 어떤 방식으로 산정을 해야하는지도 문의드리겠습니다. (기본 31일 예시)

1) 31일 전체로 산정할 경우 (31일 경우, 230시간 근무 가능)

- 소정근로시간 : 31일 ÷ 7일 x 40시간 → 177.1시간

- 연장 근로시간 : 31일 ÷ 7일 x 12시간 → 53.1시간 가능

* 28일, 30일, 31일 근무시간 동일

2) 평일(주중휴일) 기준으로 계산할 경우(매월 평일수에 따라 근무시간 변경)

- 소정근로시간 : 23일(평일, 주중휴일 포함) x 8시간 → 184시간

- 연장 근로시간 : 31일 ÷ 7일 x 12시간 → 53.1시간 가능

* 매월 평일수에 따라 근무시간 변경

위와 같은 포괄임금제일 경우, 2번 방식으로 산정해서 매월 소정근무시간이 변경된다고 생각되는데 어떤 방식으로 운영되는게 맞을까요?