공소시효 제도가 있는 주된 이유는 다음과 같습니다.
시간이 오래 경과하면 증거 확보가 어려워지고 진실 발견이 힘들어집니다. 이런 상황에서 재판을 진행하는 것은 피고인에게 불리할 수 있습니다.
또한 범죄로 인한 사회적 혼란과 피해자의 고통도 시간이 지나면서 점차 해소됩니다. 끝없이 처벌 가능성을 열어두는 것보다 일정 기간 후에는 법적 안정성을 부여하는 것이 더 낫다고 보는 것입니다.
오랜 시간이 지난 후에는 형벌로 범죄자를 교화하고 재범을 방지하려는 형사정책적 목적 달성이 어려워집니다.
공소시효는 국가의 소추권 행사를 재촉하는 기능도 합니다. 범죄 발생 후 일정 기간 내에 수사와 기소를 마치도록 하는 것이죠.
다만 반인륜적 범죄, 중대 범죄에 대해서는 공소시효를 두지 않거나 매우 길게 설정하여 언제든 처벌할 수 있도록 하고 있습니다.