변형근로가 무엇을 의미하는 지 알 수 없어 답변드리기 어렵습니다. 다만, 근로기준법 제55조제2항 단서에 따라 사전에 근로자대표와의 서면합의로 공휴일을 특정 근로일에 대체할 수 있으며(1:1), 동법 제57조에 따라 근로자 대표와의 서면합의가 있으면 공휴일 근로에 대하여 1.5배를 가산한 수당을 지급하는 대신 1.5배를 가산한 휴가(보상휴가)를 줄 수 있습니다.
용어를 근로기준법상 용어와 다르게 사용하고 계신 것 같습니다. 아마 회사이서 근로기준법상 '휴일의 대체'(휴일과 평일을 1:1로 대체)를 변형근로, '보상휴가제'(1.5배의 시간 또는 금전 보상)를 대체휴무로 표현하는 듯합니다. 적법한 요건을 갖추었다면 이렇게 진행하는 것도 가능합니다.