안녕하세요. 류형식 노무사입니다.
1) 임금의 일할 계산 방법에 대해 회사의 취업규칙이나 근로계약 등에 정한 바가 있다면 정한 방식에 따라 월급을 일할 계산하여 지급하면 되고, 2)별도로 정한 바가 없다면, 실제 근로일수에 해당하는 임금을 일할 계산하여 지급할 수 있다고 보고 있습니다(근기 1455-24422, 1981.08.11. ; 근기 68207-690, 1999.3.24. ; 근로개선정책과-2118, 2011.7.11.).
따라서, 질문자님의 경우 250만원/31일 x 13일로 약 1,048,387 원(세전)으로 산정됩니다.
이를 식대20만원을 포함하여 비과세 혜택을 최대한 받을 수 있도록 산정 및 지급한 것으로 보이므로 법 위반 등의 문제는 없다고 사료됩니다.