연차 발생일과 퇴직시 연차정산 관련 문의드립니다

안녕하세요 이번에 회사 경영상 어려움의 이유로 인원감축으로 권고사직을 받게되었습니다

입사일 25년 7월21일

퇴사일 26년 9월 1일

근로계약서 8항에

연차 유급 휴가는 여름휴가3일 연차 12일 총 15일을 부여한다라는 조항이있으며
수습 기간이 끝난 후 연차가 부여 된다고하여 첫 연차는 수습기간이 끝난 10월에 사용하였고

작년, 연차를 총 3번 사용하였습니다

퇴사하면서 연차 정산을 하려고 하는데 회사에선 5인 미만 사업장이라고 실제적으로 연차정산에 대한 근로기준법이 적용이 안된다며 말을 하는데

근로기준 법이 적용이 안되도 근로계약서 상에 기재가 되있기때문에 정산을 해줘야하는거 아닌가요?