월세보증금에서 합의 없이 청소 비용등의 면목으로 일방적으로 차감할수는 없습니다. 정식적으로 원상복구가 필요한 부분이 있다면 임차인과 협의한 결과에 따라 차감이나 청구를 하는것이 맞습니다. 질문에서처럼 일방적으로 계산하여 차감후 반환하는것은 잘못된듯 보이니, 차감한 내역을 요구하시고, 청소비용 및 벌레퇴치비용의 영수증을 요구하시는게 좋을듯 보입니다.
특약사항에 임차인이 청소비 부담이라고 되어있자면 청소비는 임차인이 부담합니다. 그게 아니라면 다음 세입자를 위해 임대인이 비용을 지불합니다.
특약사항에 따로 적어놓지 않았더라도 임차인이 방을 너무 더럽게 만들었고 많은 벌레를 서식(주변 방까지 퍼진단면 벌레퇴치비용이 상당함.한번으로 안됨)하게 했다면 도의상 임차인이 어느정도 비용을 지불하는게 맞지 않을까 싶습니다. 방이 많이 더럽다면 청소비도 증가하고 벌레퇴치업체를 부른면 상당한 비용이 듭니다.