정확한 부분은 세무소등에 확인 필요하지만 알기로는 본인이 거주하는 주거지에대해서 월세에 대한 연말정산시 소득공제는 불법건축물이라도 가능한 것으로 알고 있습니다. 말그대로 월세 소득공제의 경우 주택임차인으로써 월세를 지급하고 있다는 사실과 주택임대차보호법에 따라 등록이 되어 있는 경우라면 가능합니다. 다만 질문에서 말하는 주거지의 용도가 상업용시설로 보이기에 전입신고가 불가한 곳이라면 공제를 받기 어려울수 있습니다. 즉 전입신고여부에 따라 가능여부가 달라질 것으로 판단은 됩니다.