사전 신청이 없다는 이유만으로 실제 휴일근로를 일률적으로 부인할 수는 없습니다. 회사의 지시, 승인, 묵인 아래 근무했다면 근로기준법 56조에 따른 보상이 필요합니다. 보상휴가로 대신하려면 제57조에 따른 근로자대표와의 서면합의가 있어야 합니다. 근로자가 실제 근무와 사용자 관여를 우선 제시하되 회사도 보유 기록으로 사실관계를 확인해야 합니다. 무단근무 절차 위반에 대한 조치와 이미 제공된 근로에 대한 임금지급은 구분하여 처리하는 것이 타당합니다.
예를 들어 관리자가 휴일에 업무지시를 했거나 출근 사실을 알면서 제지하지 않았고, 그 결과물을 회사가 사용했다면 사후 신청이라도 인정될 가능성이 높습니다.