우선 회사에서 근태 관리 목적으로 제도를 운용 중이고, 이를 위반한 경우에 대해 징계로 정하는 것은 얼마든지 가능합니다. 이 때에는 징계 절차 준수와 징계 양정에 대한 적절한 조치를 행하면 될 것입니다.
다만, 급여 차감은 문제가 될 소지가 있습니다. 일단 당해 근로자가 실제로 근로를 제공하였는지를 검토하여 실제 근로를 제공하였으나 근로자의 과실로 출퇴근 시스템에 기록을 남기지 않았다면, 급여 삭감은 임금지급원칙 중 전액지급원칙을 위반하게 될 수 있습니다. 물론 실제로 일을 하지 않았다면 무노동 무임금 원칙에 따라 당해 시간에 대한 임금 공제는 가능합니다.
정리하자면, 근태 시스템에 기록을 남기지 않았다는 사유로 징계 자체는 가능하나, 실제 근로를 제공하였음에도 기록을 남기지 않았다는 이유로 임금을 삭감하는 것은 법 위반 소지가 있다고 판단됩니다. 참고 바랍니다.