농어촌 주택 요건에는 취득당시 공시가 3억이하여 하고, 수도권 및 규제지역을 제외한 지역의 읍,면 소재한 주택이여야 합니다 , 질문에서 주택을 신축하는 경우에 위에 해당할지는 자세한 확인이 별도 필요해 보입니다.
그리고 농어촌 주택에 해당되는 경우 일반적으로 주택수 산정에 포함되지 않으며, 기존주택을 매도할 경우 1주택자 양도비과세 혜택이 가능은 합니다만 반드시 알고 있어야 할 요건은 매도순서상 일반주택 -> 농어촌주택 취득순서라면 농어촌 주택은 2003.8월부터 25년까지 기간에 취득하셨어야 가능합니다. 또한 3년이상 보유를 하셔야 합니다,
그 외 농어촌 주택으로 인정되지 않더라도 일시적 2주택 비과세 요건에 해당될 경우에도 종전주택 매도시 양도비과세 적용이 가능할수 있습니다. 이떄는 신축한 신규주택을 매수, 완공한 이후 3년내 종전아파트를 매도하셔야 합니다,
세금에 대한 부분은 제 답변과 차이가 생길수 있기 때문에 좀 더 자세하고 명확한 답변을 원하시면 세금관련한 질문을 하시거나 세무서등에 문의를 하시는게 정확합니다.
답변이 도움되셨다면 추천부탁드립니다.